南京审计学院收费标准按江苏省有关部门审批的标准执行。普通本科专业13000元/年。
为鼓励更多的优秀考生报考南京审计学院，并为其成才提供更好条件，除教育部和江苏省教育厅等评定奖学金、助学金外，南京审计学院还制定了奖学金及优秀新生奖励办法等相关政策，主要包括审计长奖学金(国家审计署设立) 10000元/人、校长奖学金2000-10000元/人、新生奖学金5000元/人、优秀学生奖学金200-1000元/人等奖项，学生获奖(助)学金面为60%左右。
学校前身为始建于1983年的南京财贸学院;
1987年，更为南京审计学院;
1991年，学校改由审计署直属;
1993年，学校升格为本科院校。
2000年，调整为江苏省与审计署合作共建、以江苏省管理为主;
2002年，原南京金融高等专科学校并入，组建新的南京审计学院;
2009年，经国务院学位委员会批准，学校被列入新增硕士学位授权立项建设单位;
2011年，学校被国务院学位委员会批准成为全国首批审计硕士专业学位授权单位;
2011年，教育部、财政部、审计署和江苏省人民政府共建南京审计学院;
2015年11月17日，教育部批准同意，南京审计学院更名为南京审计大学。
