学院建立了 “奖、贷、勤、助、减、免、缓、补”等多位一体的大学生助学服务体系，形成了“全方位关心，多元化资助，分层次实施”的助学机制。按照国家有关政策，学院设有国家奖学金、国家励志奖学金、省政府奖学金、学院助学金、国家助学贷款等资助项目，资助面达到在校生的20℅;通过提供校内外勤工助学岗、困难补助、减免学费等措施帮助贫困学生顺利完成学业;为经济困难新生开设绿色通道，保证不让一名学生因家庭经济困难而上不起学。另外，学院还依托社会捐助为家庭经济困难学生开办了校园爱心超市，切实解决同学们生活上的后顾之忧。
2000年5月，经山东省人民政府批准，中专校名再次更名为“山东省交通工程学校”。
2002年7月24日，经山东省人民政府批准，将“山东省交通工程学校”改建为“山东交通职业学院”，同时撤销“山东省交通工程学校”的建制。
2004年8月，学院主校区迁到潍坊高新技术开发区。
2006年，在省教育厅组织的“山东省高职高专人才培养水平评估”中学院被评为“优秀”等级。
2008年，在省委高校工委组织的德育暨校园文明建设检查评估中学校被评为“双优”。
2010年8月，入选山东省示范性高等职业院校。
2013年11月，原山东省交通运输学校整体并入。
