专升本学生学费和住宿费的收取，执行山东省物价局统一核定的标准。
学校设立以政府奖学金为最高奖励、以学校奖学金为主要形式、以专项奖学金为主要补充的奖学金体系，奖励品学兼优的学生;针对家庭经济困难学生，学校建立以国家助学贷款为主，以助学金、学费减免、勤工助学等为辅助的完善的资助体系,并对新生入学设“绿色通道”。
在中央“中等专业教育要加速发展”的方针指导下，交通部根据交通事业的发展对人才的需求以及全国交通教育规划和布局，于1956年在济南创建中央人民政府交通部济南汽车机械学校。
1956年2月10日，交通部致函山东省交通厅要求协助筹建学校，并派蔡瑞霖同志负责学校的筹建工作。山东省交通厅抽调数名干部参加筹建工作，并租用济南市南大槐树北街裕兴里13号、15号数十间民房作为筹备处办公地点。
1956年8月下旬，学校各机构迁到新校址济南西北郊八里桥北(现交校路5号)，筹备处撤销。学校的中心工作转入教学和管理。
2007年11月，交通部和山东省人民政府联合公布《中华人民共和国交通部关于共建山东交通学院的意见》。
2009年，山东省政府批准为山东省船舶与海洋工程专业人才教育培训基地，山东省教育厅批准为山东省首批研究生联合培养基地单位。
2011年，成功获批培养硕士专业学位研究生试点工作单位，包括交通运输工程、船舶与海洋工程两个领域涉及船舶与海洋结构物设计制造、船舶电子电气与轮机工程、海洋运输与物流工程、游艇邮轮工程、车船运行安全与节能环保、港航路桥及隧道工程等六个专业方向。
2013年，山东省教育厅、财政厅发布《关于公布山东省高等教育名校建设工程第二批立项建设单位的通知》，山东交通学院获批成为“山东特色名校工程”重点建设的应用型人才培养特色高校。
同年，获批教育部重点研究项目“应用科技大学改革试点战略研究”项目首批试点院校。
