学校创办于1938年，前身是国立云南大学农学院，建址昆明市呈贡县，1958年独立建成昆明农林学院，迁址昆明北郊黑龙潭，1962年滇南大学、滇西大学并入昆明农林学院，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学，1980年搬回昆明北郊黑龙潭。1983年成为硕士学位授权单位，1993年列为云南省属重点大学，2003年成为博士学位授权单位，2007年设立博士后科研流动站。2008年教育部本科教学评估为优秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托学校教育管理资源分别创办了云南农村干部学院、云南省食品安全管理学院、云南省高原特色农业产业研究院。2013年，经科技部、教育部审核批准建设云南农业大学新农村发展研究院。
单招解读
单招和高考上的大学毕业证一样，国家承认。参加单独招生考试录取的考生与参加高考录取的考生享受同等待遇。而且录取通知书、学生证、毕业证上都没有“单招”等字样，和普通高考生完全一样。
教育部决定由高等职业院校在高考前组织命题、考试、评卷、划定录取最低控制分数线，确定录取名单，直接报省教育考试院核准备案录取，这种招生形式就叫做高职院校“单独招生”。
我国高等职业院校实行单独招生最早开始于2007年，命题主体单位由国家示范性高职院校逐步扩权到国家骨干高职院校、各省级示范性高职院校、国家高等职业教育综合改革试验区内高职院校。“高职单招”是高中生通过单独招生被高职院校录取后，就不用再参加高考了。
